Tomo Aizawa y Junichirou «Jun» Kubota son los hermanos más unidos que jamás hayas visto. Se pelean y discuten, pero en las buenas y en las malas, se apoyan mutuamente. Sin embargo, hay un pequeño problema: ¡Tomo está enamorada de Jun!
Desde que era joven, la marimacho Tomo ha sido una más entre los chicos; debido a su naturaleza extremadamente musculosa, Jun no se da cuenta de ninguna de sus insinuaciones, ni siquiera cuando ella se lo confiesa explícitamente. Para colmo de males, durante mucho tiempo ni siquiera se dio cuenta de que era una chica.
Tomo-chan wa Onnanoko! sigue las cómicas travesuras de Tomo y sus amigos mientras intenta llamar la atención de Jun y escapar de la infame brozone.
