El futuro lejano, 5012.
La repentina invasión aérea de la Tierra por < Aliens ＞ y sus creaciones ＜Machine Lifeforms＞ llevó a la humanidad al borde de la extinción. El número superviviente de humanos que se refugió en la Luna para organizar un contraataque utilizando ＜soldados androides＞ para reconquistar la Tierra. Sin embargo, la guerra llega a un punto muerto ya que las ＜Máquinas Forma de Vida＞ siguen multiplicándose infinitamente. A su vez, la humanidad despliega una nueva unidad de soldados androides como arma definitiva: ＜YoRHa＞. Recién enviados a la Tierra, ＜2B＞ se une a＜9S＞, el analista actualmente destinado allí, donde en medio de su misión, se encuentran con una miríada de fenómenos misteriosos... Esta es la historia de estos ＜androides＞ sin vida y su interminable lucha por el bien de la humanidad.
