La película estará compuesta por dos historias: «Ishi Okoshi» y «Ayashiki Raihousha». En «Ishi Okoshi», Natsume conoce a un pequeño youkai llamado Mitsumi en un bosque. A Mitsumi se le encomienda despertar al youkai divino «Iwatetsu» de su profundo letargo. Mitsumi pesa en la mente de Natsume, así que se propone ayudar a Mitsumi en su tarea.
En «Ayashiki Raihousha», un misterioso visitante aparece frente a Tanuma. Casi todos los días, el visitante visita a Tanuma, habla un poco con él y luego se va. Natsume, que sabe que el visitante es un youkai, se preocupa por Tanuma, pero éste se divierte El youkai no quiere hacer daño, pero la salud de Tanuma empieza a deteriorarse lentamente.
