Ambientado en la historia opción alternativa de el país nipón en mil novecientos treinta y uno y el año sesenta y cuatro de la era Meiji, el shogunato Tokugawa jamás fue derogado y el emperador Meiji jamás fue restaurado en el poder. El anime proseguirá las actividades de «Nue», una organización de verdugos del shogunato que hacen cumplir el gobierno. El país ha desarrollado su fuente de energía, la «vena del dragón», y ha conseguido un desarrollo único en el que se mezclan la ciencia y el periodo Edo.
No obstante, tras la glamorosa urbe, la organización disidente Kuchinawa se esmera por deponer a la administración, al tiempo que Nue del régimen de Tokugawa, a quien se le confió su exterminio, está en enfrentamiento. Sawa Yukimura, cuya familia fue asesinada cuando era joven, sigue buscando a Janome, la verdugo de Nue.
