Mientras que busca en el ático de su abuelo, Hikaru Shindou tropieza con un viejo tablero de go. Al tocarlo, es recibido por una voz enigmática, y poco después cae inconsciente. Cuando recupera el sentido, descubre que la voz prosigue presente y pertenece a Sai Fujiwara no, el espíritu de un viejo especialista en go. Instructor de go del emperador nipón en la era Heian, la pasión de Sai por el juego trasciende el tiempo y el espacio, lo que le deja continuar jugando su querido juego como una entidad fantasmagórica. El propósito final de Sai es dominar una técnica de go divina que ningún jugador ha conseguido hasta el momento, y busca conseguirlo jugando el juego de mesa por medio de Hikaru.
Pese a no tener interés en los juegos de mesa, Hikaru admite a duras penas jugar, ejecutando los movimientos conforme las instrucciones de Sai. No obstante, cuando se halla con el joven prodigio del go Akira Touya, una pasión por el juego se enciende de manera lenta en su interior. Inspirado por su nuevo contrincante, el viaje de Hikaru al planeta del go está comenzando.
