A finales del siglo XXI, el descubrimiento de una nueva fuente de energía llamada «energía DG» (abreviatura de «energía de gracia divina») ha revolucionado la economía de la Tierra y ha permitido a la humanidad colonizar el espacio. Sin embargo, cuando la expedición inicial llega a Plutón, es atacada por una misteriosa y gigantesca forma de vida conocida como «Nergal».
El Ejército de la Alianza Terrestre contraataca creando una «Unidad AG» que utiliza antiguas armas robóticas conocidas como «G’s Frame», excavadas en yacimientos arqueológicos de todo el mundo. Las chicas con cualidades especiales conocidas como «Ancient Girls» pueden pilotar estos robots contra los Nergal. Sin embargo, la primera Unidad AG sufre grandes bajas en la campaña de Júpiter Troya, y la piloto de la Unidad 04, Minamiya Reiu, desaparece en combate…
Años después, Minamiya Reika, la hermana menor de Reiu, se alista con la Unidad AG para buscar a su hermana y proteger la Tierra de los Nergal. A partir de ahí se desarrolla una historia de amistad, armas robóticas antiguas y batallas a muerte con los Nergal.